与水源水体相比较而言，冷却水系统中的微生物种类和数量更多，几乎所有的水生微生物在冷却水系统中都有发现。循环冷却水中危害最大的几种微生物以及它们的特征：
一、 细菌类：
1、 粘液异氧菌：它是生长最多的菌群，它们能够产生一种胶状、粘性的或黏泥状的、附着力很强的粘液层，常导致生物黏泥的形成。
2、 硫氧化菌：依靠水中的硫或硫化物氧化成硫酸索放出来的能量，维持其生命，危害极大。
3、 硝化菌：能将氨等氧化成亚硝酸盐或硝酸盐。
4、 铁细菌：依靠亚铁离子氧化成高铁离子所放出来的能量来维持生命，极容易使器壁产生点蚀孔。
5、 硫酸盐还原菌：厌氧菌类，它能将硫酸盐还原成硫化物，造成危害极大的点蚀。
二、 藻类：
1、 蓝藻类：细胞内含有叶绿素，可以进行光合作用。在含有氮源、磷钾源的水中，在阳光直接照射下能迅速繁殖、在冷却塔她、凉水池中最常见。
三、 真菌类：各种真菌 在木质冷却塔中科导致木材严重损坏。
四、 原生动物：各种原生动物：纵长膜袋虫等 原生动物以捕食动物细菌或藻类为主，在冷却塔壁或热交换器的封头，管束间都有存在，产生黏泥，堵塞管道。
冷却水中危害最大的几种微生物主要就是这几类了，除此之外，还有很多细小类的微生物就不一一列举了。